Inicjatorami powstania klubu byli: Antoni Wosiński, Sylwester Kwaśniewski i Władysław Romel. Klub zaczął działać od 29 grudnia 1959 roku. Pierwszym prezesem wybrano Michała Alisza. Kolejnymi prezesami byli: Władysław Romel, Feliks Rabiega, Jan Cichoński, Jan Kasprzak, Remigiusz Kasprzak, Mieczysław Nowak, ponownie Jan Kasprzak, Andrzej Lech, Marek Woźniak, Beata Danielewska, Jerzy Maciejewski.

W historii piłki nożnej było wiele wspaniałych meczów m.in. z: Górnikiem Zabrze, Polonią Bytom, Zagłębiem Sosnowiec, Polonią Bydgoszcz, Wartą Poznań, Zawiszą Bydgoszcz, Legią Warszawa. 6 sierpnia 1968 roku klub rozegrał pierwsze w historii spotkanie międzynarodowe z drużyną NRD Einheit Gustrow – tym meczem zapoczątkowane została kilkuletnia przyjaźń między sportowcami.

Pierwszy raz Szubinianka awansowała do ligi okręgowegj w 1968 roku. Sukcesem jest fakt, że kilkoro zawodników Szubinianki grało w klubach I i II ligi, a pięciu w reprezentacji Polski. Reprezentantami byli: Dariusz Adamczyk, Piotr Majdziński, Marek Lubowicz, Krystyn Hilscher i Dawid Janicki.